注文住宅は、建築工法や建築資材など施主が自由に決められるので理想のマイホームを建築できますが、建築用地が狭小であったり歪な形状であると建売住宅よりも使い難く住み難くなってしまうことがあります。建売住宅は、建築用地の形状が整っているので建坪率をギリギリまで上手く使っている物件が多くありますが、土地の形が歪であると建坪率を有効に使えないことがあります。しかし、大都市圏では、土地が高騰していて大きな建築用地を購入するのが難しいのが現状であり、建築用地や建築環境に合わせた建築工法や建築資材を選ぶのが必要不可欠です。注文住宅は、線路の近くで騒音が気になるからといって37mm～100mmの軽量気泡コンクリートを使用すると外部の壁厚が厚くなり、910mmモジュールで6畳間をプランニングしても狭くなってしまいます。
同様にツーバイフォー工法を南海トラフ大地震に備えて耐震性と断熱性を向上させる為にツーバイシックスにすると単純に約50mm壁が厚くなり、部屋が25mmずつ狭くなってしまいます。その為、高機能の外壁材や高耐震性の構造にする場合には、住宅自体をある程度の規模にしないと各部屋が狭くなってしまい住み難くなるので家の規模に合わせて外壁材や耐震構造を選ぶのが肝要です。注文住宅は、自分で全てを決められる自由がある分だけ、施主自身が住宅に関する基礎知識を蓄える必要に加えて誠実で親切な施工会社を選ぶ必要があります。